La frequentazione antropica dell’antica Neapoleis Pauceta risale al paleolitico medio e superiore, come attestano i numerosi ritrovamenti in località Ripagnola – Grotta del Guardiano e Grotta dei Ladroni e soprattutto nella contrada Scorza di Santa Barbara con l’ipogeo Manfredi che costituisce uno dei più rilevanti insediamenti nella paleostoria neolitica della Puglia centrale.

Secondo alcuni, l’antica città di Neapolis sarebbe una delle due colonie fondate nel IV secolo A.C da Dionigi II di Siracusa, detto il giovane, dipendente dalla madre patria Corinto; altri, affermano che sarebbe stato Giulio Cesare in persona a fondare la città di Polignano, snodo centrale lungo la via Traiana che collegava Brindisi alla capitale.

Vero è che Polignano divenne fiorente centro di commercio, favorita dalla vicinanza alle rotte commerciali e dalle presenza di cale che, come nel caso dell’odiena San Vito, fungevano da approdi naturali. Prospera fino a coniare moneta di stampo greco recante l’iscrizione “NEAII” come attestano i ritrovamenti condotti a seguito di scavi operati nel XVIII secolo nella mensa vescovile, attualmente Piazza Aldo Moro.

Nel VI secolo fu sotto la giurisdizione dell’impero Bizantino, la città sviluppò una vera e propria struttura municipale che la rese sede di diocesi, già forse nel 672 e fino al 1818. La presenza dei popoli stranieri si sussegue con la dominazione normanna del XI secolo che rilanciò la produzione dell’olio d’oliva e rese fervidi i commerci. Alla dominazione degli Angioini si deve l’opera di fortificazione del borgo per garantire la difesa dalle incursioni dei turchi e dalle epidemie che spesso arrivavano proprio dal mare.

Divenne sempre più fitta e fervida rete commerciale in epoca Aragonese. Mercanti e uomini d’affari di ogni dove, soprattutto sotto l’egida del dominio veneziano che durò vent’anni, si davano appuntamento a Polignano. Ciò nonostante, Polignano non può essere annoverata tra i più importanti porti rinascimentali, a causa della sua ubicazione a strapiombo sul mare che le impedì di dotarsi di un porto efficiente – ecco così spiegata la vocazione per lo più agricola della città dedita, ieri come oggi , ai commerci con l’entroterra.

Retta da famiglie illusti come gli slavi Rodolovich ed i napoletani Leto, il feudo di Polignano fu poi venduto nel 1795 al barone Pasquale La Greca. Con fervore Polignano aderì ai moti risorgimentali, e fra reazione e brigantaggio, fu terra di patrioti e briganti.

Nel 1862 il sindaco Bartolomeo Nicola Giuliani in consiglio municipale, deliberò di aggiungere al nome di Polignano la dizione “a mare” che il re Vittorio Emanuele II sancì con decreto regio nel 1864.